بررسی کتابخانه ای از ریزمولکولهای جدید و موثر با منشاء گیاهی در درمان بیماری کووید 19 با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی از جمله داکینگ مولکولی

آزادیان, زهرا; فتاح پور, علیرضا; سلیمانی, مرضیه; آزادمنش, کیهان; علیپور, عاطفه; شاهسوارانی, حسین

doi:10.22118/jsmj.2022.267200.2372

بررسی کتابخانه ای از ریزمولکولهای جدید و موثر با منشاء گیاهی در درمان بیماری کووید 19 با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی از جمله داکینگ مولکولی

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

¹ گروه بیوتکنولوژی و سلولی مولکولی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران آزمایشگاه طب بازساختی و نوآوری موقعیت

² گروه بیوتکنولوژی و سلولی مولکولی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران آزمایشگاه طب بازساختی و نوآوری

³ گروه ویروس شناسی، انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران

⁴ گروه نانوبیوتکنولوژی، انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران

10.22118/jsmj.2022.267200.2372

چکیده

امروزه نرخ مرگ و میر بالای بیماری کرونا باعث شده است تا محققان تمرکز بیشتری روی شناسایی داروهای ضد ویروسی کارآمد از بین داروهای موجود داشته باشند. در این میان، استفاده از ریز مولکول هایی با منشا گیاهی به دلیل ایمنی بالاتر ، و مقرون به صرفه بودن مورد توجه قرار گرفته است. ما در این مطالعه با استفاده ازداکینگ مولکولی، به شناسایی بازدارنده های پروتئین 3cl protease و ACE-2 پرداخته ایم.
روش کار: بدین منظور، 1600 ترکیب با منشا طبیعی با استفاده از یک غربالگری مجازی مورد بررسی قرار گرفتند. در این روش لیگاندهایی با تمایل بالا نسبت به رزیدوهای جایگاه فعال پروتئینهای هدف با استفاده از Glide Dockingشناسایی شدند تا برای محاسبات بیشتر بر اساس روش القای قالب (Induced fit Docking) با استفاده از نرم افزار شرودینگر مورد تجزیه و تحلیل قرار بگیرند.
یافته ها: یافته ها نشان می دهد که ترکیبات بدست آمده با دارا بودن میل اتصال بالا به گیرنده های مذکور می توانند در مهار ویروس کرونا موثر باشند. همچنین ترکیبات معرفی شده در مقایسه با داروهای شناخته شده نظیر کلروکوئین، دارای انرژی اتصال بهتر و اثر مهار کنندگی قابل توجهی هستند.
نتیجه گیری: داده های ارائه شده در این مقاله می توانند برای پیشرفت بیشتر در کشف دارو یا فرمولاسیون های جدید برای مقابله با ویروس کرونا کمک کننده باشند اما به آزمایش های بالینی نیاز است تا پتانسیل مولکولهای کوچک فوق الذکر را به تنهایی یا به صورت ترکیبی برای کاربردهای پزشکی بررسی کند.

کلیدواژه‌ها

موضوعات