خدادادی, علی, حمیدی‌نیا, مریم, غفوریان, مهری, محمدی‌اصل, جواد. (1391). بررسی میزان کارآیی روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی. مجله علمی پزشکی جندی شاپور, 11(1), 85-95.
علی خدادادی; مریم حمیدی‌نیا; مهری غفوریان; جواد محمدی‌اصل. "بررسی میزان کارآیی روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی". مجله علمی پزشکی جندی شاپور, 11, 1, 1391, 85-95.
خدادادی, علی, حمیدی‌نیا, مریم, غفوریان, مهری, محمدی‌اصل, جواد. (1391). 'بررسی میزان کارآیی روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی', مجله علمی پزشکی جندی شاپور, 11(1), pp. 85-95.
خدادادی, علی, حمیدی‌نیا, مریم, غفوریان, مهری, محمدی‌اصل, جواد. بررسی میزان کارآیی روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی. مجله علمی پزشکی جندی شاپور, 1391; 11(1): 85-95.
بررسی میزان کارآیی روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی
1استادیار گروه ایمونولوژی.گروه ایمونولوژی و مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، ایران.
2دانشجوی کارشناس ارشد گروه ایمونولوژی.گروه ایمونولوژی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، ایران.
3دانشیار گروه ایمونولوژی.گروه ایمونولوژی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، ایران.
4استادیار گروه ژنتیک پزشکی.گروه ژنتیک پزشکی و مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، ایران.
تاریخ دریافت: 12 مهر 1390،
تاریخ بازنگری: 05 آذر 1390،
تاریخ پذیرش: 30 آذر 1390
چکیده
زمینه و هدف: آنالیز کمّیmRNA با استفاده از Real-Time PCR بهوسیله روش سایبرگرین بهطور وسیعی در مطالعات بیولوژیک کاربرد بسیاری پیدا کرده است. هدف این تحقیق مقایسة کارآییPCR محاسبه شده با استفاده از دو روش شیب خط نمودار استاندارد و نرمافزارLinRegPCR جهت تعیین استراتژی بهتر برای محاسبة کارآیی PCR میباشد. روش بررسی: در این پژوهش پس از خونگیری و استخراج RNA و سنتز cDNAفرآیند qRT-PCR انجام شد.سپس محاسبة PCR Efficiency به دو روش رسم منحنی استاندارد و همچنین با استفاده از نرمافزارLinReg PCR انجام گرفت و در نهایت این دو روش آنالیز با هم مقایسه شدند. یافتهها: میزان کارآیی PCR محاسبه شده برای سه ژنGAPDH، TGF βو IL-10 با روش منحنی استاندارد بهترتیب 99/1، 81/1 و 87/1 و همچنین با روش استفاده از نرمافزار رایانهای LinReg PCR کارآیی این سه ژن بهترتیب 98/1، 82/1 و82/1 بهدست آمد. نتیجهگیری: نتایج این تحقیق نشان میدهد که در آنالیز دادههای حاصل از تکثیر cDNA میزان کارآییPCR بهدست آمده برای سه ژن GAPDH، TGF β و IL-10با دو روش مختلف منحنی استاندارد و LineRegPCR نتایج تقریباً یکسانی حاصل میشود. بنابراین، توصیه میشود که بهجای روش پرهزینه منحنی استاندارد از نرمافزار LinReg PCR استفاده گردد.
1-Mullis KB. Target amplification for DNA analysis by the polymerase chain reaction. Ann Biol Clin (Paris) 1990;48:579–82.
2-Heid CA, Stevens J, Livak KJ, Williams PM. Real time quantitative PCR. Genome Res 1996;6:986–94.
3-Lockey C, Otto E, Long Z. Real-time fluorescence detection of a single DNA Molecule. Biotechniques 1998;24:744–6.
4-Bustin SA. Quantification of mRNA using real-time reverse transcription PCR (RT-PCR): trends and problems. J Mol Endocrinol 2002;29:23-39.
5-Huggett J, Dheda K, Bustin S, Zumla A. Real-time RT-PCR normalisation; strategies and considerations. Genes Immun 2005;6:279-84.
6-Higuchi R, Fockler C, Dollinger G, Watson R. Kinetic PCR analysis: real-time Monitoring of DNA amplification reactions. Biotechnology(NY) 1993;11:1026–30.
7-Gibson UE, Heid CA, Williams PM. A novel method for real time quantitative RT-PCR. Genome Res 1996;6:995–1101.
8-Orlando C, Pinzani P, Pazzagli M. Developments in quantitative PCR. Clin Chem Lab Med 1998;36:255–69.
9-Freeman TC, Lee K, Richardson PJ. Analysis of gene expression in single cells. Curr Opin Biotechnol 1999;10:579–82.
10-Schmittgen TD, Zakrajsek BA. Effect of experimental treatment on housekeeping gene expression: validation by real-time, quantitative RT-PCR. J Biochem Biophys Methods 2000;46:69–81
11-Bustin SA Absolute quantification of mRNA using real-time reverse transcription Polymerase chain reaction assays. J Mol Endocrinal 2000;25:169–93.
12-Steuerwald N, Cohen J, Herrera RJ, Brenner CA. Analysis of gene expression in single oocytes and embryos by real-time rapid cycle fluorescence monitored RT-PCR. Mol Hum Reprod 1999;5:1034–9.
13-Mackay IM, Arden KE, Nitsche A. Real-time PCR in virology. Nucleic Acids Res 2002;30:1292–305
14-Klein D. Quantification using real-time PCR technology: applications and limitations. Trends Mol Med 2002;8:257-60.
15-Mocellin S, Rossi CR, Pilati P, Nitti D, Marincola FM. Quantitative real-time PCR: a powerful ally in cancer research. Trends Mol Med 2003;9:189-95.
16-Mason G, Provero P, Vaira AM, Accotto GP. Estimating the number of integrations in transformed plants by quantitative real-time PCR. BMC Biotechnol 2002;2:20.
17-Skern R, Frost P, Nilsen F. Relative transcript quantification by quantitative PCR: roughly right or precisely wrong?. BMC Mol Biol 2005;6:10.
21-Cikos S, Bukovska A, Koppel J. Relative quantification of mRNA: comparison of methods currently used for real-time PCR data analysis. BMC Mol Biol 2007;8:113.
22-Lee KY, Ito K, Hayashi R, Jazrawi EP, Barnes PJ, Adcock IM. NF-kappaB and activator protein 1 response elements and the role of histone modifications in IL-1beta-induced TGF-beta1 gene transcription. J Immunol 2006;176:603-15.
ابتدای صفحه