• صفحه اصلی
  • مرور
    • شماره جاری
    • بر اساس شماره‌های نشریه
    • بر اساس نویسندگان
    • بر اساس موضوعات
    • نمایه نویسندگان
    • نمایه کلیدواژه ها
  • اطلاعات نشریه
    • درباره نشریه
    • اهداف و چشم انداز
    • اعضای هیات تحریریه
    • همکاران دفتر نشریه
    • اصول اخلاقی انتشار مقاله
    • بانک ها و نمایه نامه ها
    • پیوندهای مفید
    • پرسش‌های متداول
    • فرایند پذیرش مقالات
    • اخبار و اعلانات
  • راهنمای نویسندگان
  • ارسال مقاله
  • داوران
  • تماس با ما
 
  • ورود به سامانه ▼
    • ورود به سامانه
    • ثبت نام در سامانه
  • English
صفحه اصلی فهرست مقالات مشخصات مقاله
  • ذخیره رکوردها
  • |
  • نسخه قابل چاپ
  • |
  • توصیه به دوستان
  • |
  • ارجاع به این مقاله ارجاع به مقاله
    RIS EndNote BibTeX APA MLA Harvard Vancouver
  • |
  • اشتراک گذاری اشتراک گذاری
    CiteULike Mendeley Facebook Google LinkedIn Twitter Telegram
مجله علمی پزشکی جندی شاپور
مقالات آماده انتشار
شماره جاری
شماره‌های پیشین نشریه
دوره دوره 17 (1397)
دوره دوره 16 (1396)
دوره دوره 15 (1395)
دوره دوره 14 (1394)
دوره دوره 13 (1393)
دوره دوره 12 (1392)
دوره دوره 11 (1391)
شماره شماره 6
شماره شماره 5
شماره شماره 4
شماره شماره 3
شماره شماره 2
شماره شماره 1
خدادادی, علی, حمیدی‌نیا, مریم, غفوریان, مهری, محمدی‌اصل, جواد. (1391). بررسی میزان کارآیی روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی. مجله علمی پزشکی جندی شاپور, 11(1), 85-95.
علی خدادادی; مریم حمیدی‌نیا; مهری غفوریان; جواد محمدی‌اصل. "بررسی میزان کارآیی روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی". مجله علمی پزشکی جندی شاپور, 11, 1, 1391, 85-95.
خدادادی, علی, حمیدی‌نیا, مریم, غفوریان, مهری, محمدی‌اصل, جواد. (1391). 'بررسی میزان کارآیی روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی', مجله علمی پزشکی جندی شاپور, 11(1), pp. 85-95.
خدادادی, علی, حمیدی‌نیا, مریم, غفوریان, مهری, محمدی‌اصل, جواد. بررسی میزان کارآیی روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی. مجله علمی پزشکی جندی شاپور, 1391; 11(1): 85-95.

بررسی میزان کارآیی روش Real-Time PCR با استفاده از دو راهکار رسم منحنی استاندارد و رگرسیون خطی

مقاله 7، دوره 11، شماره 1 - شماره پیاپی 76، فروردین و اردیبهشت 1391، صفحه 85-95  XML اصل مقاله (299 K)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
نویسندگان
علی خدادادی1؛ مریم حمیدی‌نیا2؛ مهری غفوریان3؛ جواد محمدی‌اصل4
1استادیار گروه ایمونولوژی.گروه ایمونولوژی و مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، ایران.
2دانشجوی کارشناس ارشد گروه ایمونولوژی.گروه ایمونولوژی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، ایران.
3دانشیار گروه ایمونولوژی.گروه ایمونولوژی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، ایران.
4استادیار گروه ژنتیک پزشکی.گروه ژنتیک پزشکی و مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی، دانشکدة پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، ایران.
تاریخ دریافت: 12 مهر 1390،  تاریخ بازنگری: 05 آذر 1390،  تاریخ پذیرش: 30 آذر 1390 
چکیده
زمینه و هدف: آنالیز کمّیmRNA  با استفاده از Real-Time PCR  به­وسیله روش سایبرگرین به­طور وسیعی در مطالعات بیولوژیک کاربرد  بسیاری پیدا کرده است. هدف این تحقیق مقایسة کارآییPCR  محاسبه شده با استفاده از دو روش شیب خط نمودار استاندارد و نرم­افزارLinRegPCR  جهت تعیین استراتژی بهتر برای محاسبة کارآیی PCR می­باشد.
روش بررسی: در این پژوهش پس از خون­گیری و استخراج RNA و سنتز cDNAفرآیند  qRT-PCR انجام شد.سپس محاسبة PCR Efficiency به دو روش رسم منحنی استاندارد و همچنین با استفاده از نرم­افزارLinReg PCR انجام گرفت و در نهایت این دو روش آنالیز با هم مقایسه شدند.
یافته­ها: میزان کارآیی PCR محاسبه شده برای سه ژنGAPDH، TGF βو IL-10 با روش منحنی استاندارد به­ترتیب 99/1، 81/1 و 87/1 و همچنین با روش استفاده از نرم­افزار رایانه­ای LinReg PCR کارآیی این سه ژن به­ترتیب 98/1، 82/1 و82/1 به­دست آمد.
نتیجه­گیری: نتایج این تحقیق نشان می­دهد که در آنالیز داده­های حاصل از تکثیر cDNA میزان کارآییPCR  به­دست آمده برای سه ژن GAPDH، TGF β و  IL-10با دو روش مختلف منحنی استاندارد و LineRegPCR نتایج تقریباً یکسانی حاصل می­شود. بنابراین، توصیه می­شود که به­جای روش پرهزینه منحنی استاندارد از نرم­افزار LinReg PCR استفاده گردد.
کلیدواژه‌ها
Real-Time PCR؛ PCR Efficiency؛ سایبرگرین؛ نرم‌افزارLinReg PCR
مراجع
1-Mullis KB. Target amplification for DNA analysis by the polymerase chain reaction. Ann Biol Clin (Paris) 1990;48:579–82.

2-Heid CA, Stevens J, Livak KJ, Williams PM. Real time quantitative PCR. Genome Res 1996;6:986–94.

3-Lockey C, Otto E, Long Z. Real-time fluorescence detection of a single DNA Molecule. Biotechniques 1998;24:744–6. 

4-Bustin SA. Quantification of mRNA using real-time reverse transcription PCR (RT-PCR): trends and problems. J Mol Endocrinol 2002;29:23-39.

5-Huggett J, Dheda K, Bustin S, Zumla A. Real-time RT-PCR normalisation; strategies and considerations. Genes Immun 2005;6:279-84.

6-Higuchi R, Fockler C, Dollinger G, Watson R. Kinetic PCR analysis: real-time Monitoring of DNA amplification reactions. Biotechnology(NY) 1993;11:1026–30.

7-Gibson UE, Heid CA, Williams PM. A novel method for real time quantitative RT-PCR. Genome Res 1996;6:995–1101.

8-Orlando C, Pinzani P, Pazzagli M. Developments in quantitative PCR. Clin Chem Lab Med 1998;36:255–69.

9-Freeman TC, Lee K, Richardson PJ. Analysis of gene expression in single cells. Curr Opin Biotechnol 1999;10:579–82.

10-Schmittgen TD, Zakrajsek BA. Effect of experimental treatment on housekeeping gene expression: validation by real-time, quantitative RT-PCR. J Biochem Biophys Methods 2000;46:69–81

11-Bustin SA Absolute quantification of mRNA using real-time reverse transcription Polymerase chain reaction assays. J Mol Endocrinal 2000;25:169–93.

12-Steuerwald N, Cohen J, Herrera RJ, Brenner CA. Analysis of gene expression in single oocytes and embryos by real-time rapid cycle fluorescence monitored RT-PCR. Mol Hum Reprod 1999;5:1034–9.

13-Mackay IM, Arden KE, Nitsche A. Real-time PCR in virology. Nucleic Acids Res 2002;30:1292–305

14-Klein D. Quantification using real-time PCR technology: applications and limitations. Trends Mol Med 2002;8:257-60.

15-Mocellin S, Rossi CR, Pilati P, Nitti D, Marincola FM. Quantitative real-time PCR: a powerful ally in cancer research. Trends Mol Med 2003;9:189-95.

16-Mason G, Provero P, Vaira AM, Accotto GP. Estimating the number of integrations in transformed plants by quantitative real-time PCR. BMC Biotechnol 2002;2:20.

17-Skern R, Frost P, Nilsen F. Relative transcript quantification by quantitative PCR: roughly right or precisely wrong?. BMC Mol Biol 2005;6:10.

18-Livak K. ABI Prism 7700 Sequence Detection System[Internet]. User Bulletin2. 1997 [cited 1997]. Available from: http://docs.appliedbiosystems.com/pebiodocs/04303859.pdf.

19-Pfaffl MW. A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic Acids Res 2001;29: e45.

20-Ramakers C, Ruijter JM, Deprez RH, Moorman AF. Assumption-free analysis of quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) data. Neurosci Lett 2003;339:62-6.

21-Cikos S, Bukovska A, Koppel J. Relative quantification of mRNA: comparison of methods currently used for real-time PCR data analysis. BMC Mol Biol 2007;8:113.

22-Lee KY, Ito K, Hayashi R, Jazrawi EP, Barnes PJ, Adcock IM. NF-kappaB and activator protein 1 response elements and the role of histone modifications in IL-1beta-induced TGF-beta1 gene transcription. J Immunol 2006;176:603-15.

آمار
تعداد مشاهده مقاله: 158
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 79
صفحه اصلی | واژه نامه اختصاصی | اخبار و اعلانات | اهداف و چشم انداز | نقشه سایت
ابتدای صفحه ابتدای صفحه

Journal Management System. Designed by sinaweb.